O Sistema de Negociação contará com o Sistema Eletrônico de Operações que é um conjunto de aplicativos integrados, a ser instalado nos computadores das corretoras, e que permitir aos participantes – com acesso autorizado ao sistema – negociar produtos e ativos nos mercado da Bolsa Brasileira de Mercadorias.

Através do sistema eletrônico, as corretoras poderão receber ordens de negociação de seus clientes diretamente via terminal. As ordens eletrônicas emitidas pelos clientes às suas corretoras poderão, também, utilizar a rede da internet.

As Centrais Regionais de Operações (CROs) , que representam de fato as unidades operacionais da Bolsa Brasileira de Mercadorias, estão interligadas através do Sistema Eletrônico de Operações (SEO), que é dotado de arquitetura amigável e funcional, permitindo aos operadores configurar suas telas para a interação com o sistema. Dentre suas funções, o sistema eletrônico possibilitará o lançamento e o registro de ofertas, a consulta à lista de ofertas válidas e aos negócios realizados, a solicitação de cotações ao mercado para um ativo/mercadoria a ser oferecido à negociação, além de permitir a troca de mensagens entre os participantes do mercado com acesso ao sistema.

Cada CRO tem sua própria Sala de Negociações, e está equipada com terminais do sistema eletrônico da Bolsa e com os recursos de teleprocessamento necessários à realização de negociações integradas nacionalmente. Na Sala de Negociações, os representantes das Corretoras Associadas da Bolsa, vinculadas àquela CRO, têm a prerrogativa de poder apregoar negócios de viva-voz, para seus clientes ou para sua própria carteira, ao mesmo tempo em que se integram às demais CROs por meio do sistema eletrônico.